小
智的皮卡丘的十万伏特击败了拥有地面属性的小拳石。
神奇宝贝可以在对战中进化,例如在神奇圆环！天空大决战!!中小智的姆克鸟进化成姆克鹰。
收服神奇宝贝的途径并不只有打败神奇宝贝一种方式，可以通过交流和感化神奇宝贝时也有可能会主动加入队伍，例如：小智的煤炭龟
。
神奇宝贝可能掌握了4个以上的招式，例如勇次的快龙就在对战中使用了10个以上的招式，这种情况在之后的系列中基本没有再出现。
和游戏中只能使用招式不同，动画版中会出现诸如“躲开”、“保护”这样的命令，或利用对方的攻势进行反击等情况发生。
最初拿到的神奇宝贝并不限制在游戏中的几种神奇宝贝，也有根据风俗或特别情况给出别的神奇宝贝。
动画版初期出现了大量的上色错误或设定错误。如神奇宝贝中心大对决！中的绿色波波，与三神鸟并列传说的神奇宝贝的风速狗。
动画有时会出现游戏中没有的特殊神奇宝贝，最著名的就是水晶大岩蛇。
动画中，收集到8枚徽章后不能直接与四天王交战，而是参加动画系列中特有的神奇宝贝联盟大会与其他拥有徽章的训练家对战，类似
于运动会，每个大会都会有自己的圣火传递和圣火点燃仪式。神奇宝贝联盟大会是进行神奇宝贝对战的选拔淘汰赛，类似于竞技场模式。
如无印篇就有“关都联盟的石英大会”、“城都联盟的白银大会”等等。
动画中也不会出现神奇宝贝联盟那样闯关性质的晋级，而是与现实世界的运动会无异，甚至还有类似于选手村的设定。
当成为神奇宝贝联盟大会的冠军后才能挑战四天王。
动画版有时候会出现游戏中的主角或道馆馆主作为同伴加入到小智一行人之一，有时则不会出现。
动画版中经常加入游戏中没有的原创剧情与地点，例如神奇宝贝无印篇中的橘子群岛和神奇宝贝超级愿望中的杰克罗拉群岛。
动画中各地方的道馆不止游戏中出现的，偶尔有游戏中没有的道馆训练家，有的训练家还持有游戏中没有的徽章。
除了橘子联盟，小智挑战的都是游戏中出现的道馆。
在动画中，比如乘龙，基本来说是有能力载人游泳的，但在游戏中必须先让它学会冲浪。
……
无印篇：从1997年4月1日到2002年11月14日，其中从1997年12月16日开始到1998年4月15日停播，因为没有副标题而被统称为无印。故
事分为3章，分别是石英联盟、橘子群岛和城都联盟，其中石英联盟与城都联盟对应了第一世代和第二世代的游戏，橘子群岛为原创剧情
。共计275话（被删除的一话除外）。
超世代：从2002年1
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